消毒是指通过某种物理、化学方法杀死表面微生物、抑制微生物繁殖或除去部分微生物，使之达到安全或相对安全的水平，但对芽孢或某些孢子不起作用。消毒是部分的、表面的杀死有害微生物，是相对无菌。煮沸消毒法、巴氏消毒法、紫外线消毒法、化学药物消毒法等都是常用的消毒方法。
灭菌是指采用强烈的理化因素使任何物体内外部的一切微生物永远丧失其生长繁殖能力的措施，它是全部的、彻底的杀灭全部微生物，使之达到无菌保障水平。灭菌常用的方法有化学试剂灭菌、射线灭菌、干热灭菌、湿热灭菌和过滤除菌等。可根据不同的需求，采用不同的方法。如培养基采用髙压蒸气灭菌，将锅内所有灭菌物表面及内部活的组织细胞全部杀死，又如酒精灯火焰灼烧灭菌等。
常用医用消毒与灭菌方法介绍：
1. 热力灭菌法： 利用高温可使微生物蛋白质变性凝固；微生物体内酶失活以及DNA断裂从而达到消毒或灭菌的目的。分干热灭菌法和湿热灭菌法，干热灭菌法中的焚烧是最为彻底的无菌方法，但对原产品破坏性较强，即使反复使用的金属器皿也会因此失去光泽。干烤常在实验室使用，一些玻璃器皿、陶瓷加热160 - 170 ℃ 2小时可达到无菌的目的。 湿热灭菌法主要是指高压蒸汽灭菌法，该方法简单常用，121 ℃ 15 - 20 分钟可杀死包括芽胞在内的所有微生物。单纯煮沸比如水煮100 ℃ 5 分钟仅能达到暂时消毒的目的，如想杀灭芽胞， 则需持续煮沸2 小时。巴氏消毒法也是一种湿热消毒的方法，常用于食品的消毒，方法是用较低的温度 （61 ℃ 30 分钟/71 ℃ 30秒/82 ℃ 4秒）将食品中的99%的致病菌杀灭，较好的保留食品的营养与天然风味。
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2. 辐射灭菌法 机理是干扰DNA的复制与转录，产生游离基,破坏DNA等， 常用的有紫外线和钴-60（60Co）消毒法。紫外线穿透力较弱，可用于房间静态空气消毒和通风管内流通空气消毒等情况，60Co 通过γ射线达到消毒的目的，γ射线穿透力强、被灭菌物体温度变化小，可用于一次性医用塑料制品的消毒、特别适用于已包装密封的药品消毒灭菌，也可用于食品的消毒（不破坏其营养成分），杀菌作用可靠，广泛适用于固、液、半固体物料。
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3. 滤过灭菌法 指药液通过无菌滤器，除去活的和死的微生而得到无菌滤液的方法，方法是使用微细小孔 < 0.22μm的滤器,该滤器只允许液体或气体及孔径 < 0.22μm的颗粒通过，细菌不能滤过(但不能去除病毒、支原体），广泛用于血清、毒素、输液、生物制品、抗生素等很不耐热的药物溶液的除菌以及空气等的除菌。
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4. 气体灭菌法 使用能形成气体或蒸汽的化学药品来杀灭微生物，该法适用于不耐热又不能过滤的药品（混悬液、固体药物等），也用于房间或设备的灭菌。常用的有甲醛蒸汽熏蒸灭菌法和环氧乙烷灭菌法，前者常用于手术室，换药室，车间、制药设备,后者常用于各种高分子医用耗材，注射器、生物制品。
5. 化学消毒：主要用于浸泡与表面消毒，常用化学药品包括酒精，新洁尔灭（苯扎溴铵），碘 酊，碘伏，洗必太，过氧乙酸，煤酚皂溶液（来苏水），含氯消毒剂等，这部分内容较多， 我们将另行介绍。